Ada catatan menarik dalam perjalanan PSIM Jogja. Tim ini pernah mengundurkan diri dari kompetisi Divisi Utama (kasta teratas saat itu) akibat gempa bumi dahsyat yang melanda Yogyakarta pada Mei 2006.
Saat itu, klub-klub dari Daerah Istimewa Yogyakarta seperti PSS Sleman, Persiba Bantul dan PSIM, terpaksa mundur dari kompetisi karena stabilitas klub terganggu.
Baca Juga: Erick Thohir Beri Bocoran Direktur Teknik Baru: Sudah Ada Kandidat, tapi..
Pada 2007, PSIM kembali berkompetisi di Divisi Utama, tetapi hanya finish di peringkat sembilan Wilayah Timur. Hasil itu membuat tim gagal memenuhi syarat untuk masuk ke Indonesian Super League (ISL).
Pada 2008, ISL dinyatakana sebagai sebagai kompetisi tier satu dan Divisi Utama jadi kasta kedua, dimana PSIM berkompetisi di level kedua dan baru bisa promosi tahun ini.
Baca Juga: Undang Klub Luar Negeri ke Piala Presiden 2025, Begini Rencana Besar Erick Thohir