Kemenangan di pelabuhan pertama
Pada usia 33 tahun, Marquez akhirnya gantung sepatu setelah sempat bermain di Segunda Division B bersama CE Europa.
Setelah mengetahui seluk beluk permainan sebagai pesepak bola, akhirnya pria berusia 61 tahun ini melanjutkan ke jenjang selanjutnya sebagai pelatih.
Pada 1997, Marquez memulai karir sebagai manajer sepak bola. Pelabuhan pertamanya adalah di klub terakhirnya di Tercera Division.
Dengan kepiawaiannya dalam menyusun strategi, skuad tersebut berhasil menjadi juara Piala Catalonia setelah mengalahkan Barcelona di final. Kemenangan di pelabuhan pertamanya.
Pada 26 Mei 1998, pria yang memegang kunci lisensi UEFA Pro ini kembali ke Espanyol sebagai asisten skuad utama dengan memimpin tim muda pada enam tahun berikutnya.
Layaknya karir yang tidak selalu cemerlang, Marquez juga pernah mengalami kesurutan dalam karirnya. Dia bersama skuad Spanyol harus menerima kekalahan empat kali secara berturut-turut sehingga ia dibebebaskan dari tugasnya.
Pada tahun 2012, setelah kira-kira enam bulan bersama tim lapis kedua Spanyol CD Castellón, dan sempat berada di Akademi Aspire di Qatar, Márquez menandatangani kontrak dengan KAS Eupen – klub sepak bola asosiasi profesional Belgia, di Divisi Kedua Belgia. Tiga tahun setelahnya, ia harus menerima pengakhiran kotrak, saat timnya berada di posisi ketiga.
Márquez ditunjuk sebagai pelatih Sint-Truidense VV pada Juni 2017 setelah kepergian Ivan Leko ke Club Brugge KV , namun pengakhiran kontrak setelah 53 hari – hanya dua pertandingan memasuki musim baru – karena perbedaan pendapat.
Pada awal tahun 2018, Márquez kembali ke Qatar untuk mengelola tim Divisi Kedua Al-Wakrah SC, dikalahkan oleh rekan senegaranya José Murcia, Al-Shahania SC di musim pertamanya. Setahun kemudian, timnya memenangkan divisi tersebut, mencapai promosi ke Liga Bintang Qatar.
Pada 6 Desember 2023, Márquez ditunjuk sebagai pelatih kepala tim nasional Qatar, menggantikan Carlos Queiroz.
