Era Luis Milla
Setelah Piala AFF 2016, skuad Garuda diarsiteki oleh pelatih Luis Milla. Meski tak lagi bersama pelatih Alfred Riedl posisi Bayu Pradana di Timnas Indonesia tak tergusur.
Meski tidak selalu masuk dalam skuad, Bayu Pradana bermain penuh pada dua laga uji coba lawan Kamboja dan Puerto Rico pada Juni 2017. Setelah itu, dia juga terlibat pada laga uji coba lawan Fiji, Islandia, Mauritius, Myanmar, dan Hong Kong.
Bertarung di Piala AFF 2018 walau bukan pemain inti, Bayu Pradana masuk dalam skuad asuhan Bima Sakti.
Bahkan jasa Bayu Prandana masih langgeng hingga pelatih Simon McMenemy 2019. Namun, dia tak pernah dilirik Timnas Indonesia era Shin Tae-yong.